蒋志清离开之后，孙文并没有因为他的离去而放弃北伐，一是不能错过南北夹击直系的机会，二是要兑现与奉、皖两系共同出兵的承诺。为了稳住陈炯明，孙文不仅保留其陆军部长的职位，又任命他为两广军务督办。而且，尽管解除了陈炯明粤军总司令一职，但粤军仍控制在其参谋长叶举的手中。
4月29日，孙文盼望已久的直奉大战终于爆发了。张作霖以12万的兵力向直系吴佩孚发起攻击。吴佩孚动员了约10万兵力，与奉军在长辛店、琉璃河、固安、马厂等地展开激战。
5月3日，吴佩孚转守为攻，出奇兵绕道奉军后方，使卢沟桥一带的奉军腹背受敌。吴佩孚又采取分化瓦解政策，使奉军第16师临阵倒戈，造成奉军全线崩溃。
5月5日，张作霖退出关外。后经英、美传教士调停，直奉停战。
孙文怎么也没想到，直奉开战不及一周便以奉军惨败而告终，南北夹击直系的计划顿时化为泡影。但北伐军此时已准备就绪，如箭在弦上，不得不发了。
孙文尽管已知奉军大败，不过仍在这一天下达攻击令，并以李烈钧为北伐军总司令，许崇智为总指挥。
5月6日，孙文从广州亲临韶关，坐镇大本营。
为了稳住后方，孙文委任叶举为粤桂边督办，以示对粤军的信任。同时，多次写信安抚陈炯。
5月11日。北伐军开始进击江西。驻扎江西的是北军第12师，战斗力极差，因此北伐军一路势如破竹。
正当北伐军高歌猛进之际。5月20日，粤军总参谋长叶举却率领粤军第一军所部50余营突然开回广州，理由是索要军饷，并补充武器弹药。同时，他们发电要求孙文恢复陈炯明粤军总司令和广东省省长职。
陈炯明感到以恢复自己的职位为由而向孙文发难，太说不过去，于是向叶举等人劝解。暂时遏止了危机的爆发。
叶举率部擅自回到广州，几如兵变，蒋志清出于盛怒。给许崇智等人连续发出几封急电，催促他们立即采取先发制人的行动，回师驱逐陈炯明。但许崇智、胡汉民、廖仲恺等人的回电，只是请蒋回粤。对驱陈一事却只字不提。
北伐军继续猛进。5月22日占龙南、虔南，25日下南安，29日克信丰、南康、崇义。
广州局势越来越严重，关于陈炯明要造反的谣言不仅传到韶关，就连远在溪口的蒋志清都有所耳闻。为了稳定军心，孙文决意亲回广州坐镇。他带薛岳、叶挺两个营随行，而留张发奎营在韶保卫胡汉民。
6月1日的黄昏，孙文抵达广州。入驻总统府。下榻后的第一件事，就是嘱咐林直勉道：“你记一下。立即给蒋志清发个加急。就说‘粤局危急，军事无人负责，无论如何请兄即来助我，千钧一发，有船即来。’”
然后，又命人通知叶举等高级将领，说次日中午在观音山总统府宴请他们。
很快有人来告，说是叶举等人已经离开广州，去向不明。
孙文气得拍案大怒，对身边的海防司令陈策说：我真想用你们的大炮轰死这帮陈家军。
6月2日，孙文眼巴巴地在宴会厅苦等，但叶举等人最终也没有出现，来的只是几个营长和连长。
孙文再次勃然大怒，一连拍了三封电报，要求陈炯明立即到广州面商一切，同时又派汪精卫到惠州催驾。
陈炯明对心急火燎的汪精卫笑道：“我现在怎么能去广州呢？在第一军撤出广州之前，我都不能去广州。我又不是粤军总司令，他叶老三又不听我的。假如我去了广州，他们一旦叛乱，难道要我替他背这个黑锅吗？”
这句话说出来，憋得汪精卫哑口无言。
……
听了蒋志清的一番叙说，白朗摇摇头：“我说的是近几日广州的情况你可否了解？”
“近几日？难道近几日广州又出了什么状况了？”蒋志清突然有了一种不好的预感。
“是这样的……”
白朗将近日广州的情况一一说与了蒋志清。
……
6月10日，叶举宣布广州戒严，大街通衢，遍布岗哨。
陈炯明、叶举等人都拒不露面，孙文想找他们理论都不可能，于是在6月12日邀请广州报界出席茶会，决心通过报纸，向陈炯明摊牌。
孙文说“粤军回广州，名为闹饷，实为破坏北伐，破坏革命。在此，我恳请各位报界朋友通过你们的报纸，向陈家军发出警告。我下令要他们在10日之内全数退出省城30里之外。他们若不服命令，我就以武力压服他们。人家说我孙文是孙大炮，不错，我就是爱放炮。而且，这次要放的大炮更厉害。不是用实心弹，而是用开花弹，或者用八英寸口径大炮的毒气弹，三小时之内就能把他们60余营陈家军化为泥粉。当然，开炮前我会提前9小时发出通知让市民躲避。但在随后的3小时内，炮弹一定会砸在陈家军的头上。陈家军若改变态度，即不啻如天之福。万一无效，我就不能不执行我海陆军大元帅的职权，制裁他们。”
当晚，叶举召集粤军军官谈话，决意反击。
14日，他们以粤军全体官兵的名义发出通电，要求孙文下野，停止北伐，谋求全国和平统一。
晚上，粤军将数尊大炮运上粤秀山。
陈策、魏邦平等要员，晚上不敢留在广州，只好驻在兵舰之上。
为以防万一，孙文决定扩充警卫团，升李章达为警卫第2团团长，蒋光鼐等升任第二团