1932年“一·二八“上海淞沪抗战打响，流亡中的冯庸大学抗日义勇军，由冯庸率领到上海参加阵地宣传和救护工作。1933年初，日军进攻热河省，冯庸又带领学生赴承德参加抗日。
1933年6月，冯家私产基本耗尽，冯庸大学再也没有恢复学校的力量了。经张学良同意，冯庸将学校并入东北大学。
此事在《国立东北大学廿四周年纪念册》有如下记载:“1933年6月，冯庸大学结束，并入本校，所占原陆军大学校址，由军委会拨本校校舍。“冯庸大学绝大部分学生各奔东西。他们有的报考了燕京大学、清华大学，少数学生转到浙江大学和河南大学;还有的回东北加入中共地下组织继续抗日，有的青年投考军校，报效国家。
冯庸大学从建立到解散，共有三批毕业生。作为东北的第一所私立大学的冯庸大学，历时六年宣告结束。抗战期间，他先后任昆山、长兴、襄樊等地警备司令、戒严司令，战区军法执行监等职。1949年，他随国民党迁至台湾，先后担任过台北市长、国有资产局局长、高雄港口司令、空军等要职。不久，因为台湾空军误击美国外交官私人飞机一事，他受牵连退伍，改任台湾电力公司顾问一直到他1981年去世为止。