大明卫所制延续至今，积累的问题已相当严重。卫所制的基础在于固定的军户与屯田数量，但由于种种原因，国初制定的针对军户的种种优惠政策都已名存实亡。军户长期遭受着来自朝廷与卫所军官的双重盘剥，却得不到应有的补助，使其沦为实际意义上的贱民，从而令各地卫所的逃丁现象相当普遍，这又进一步导致大量屯田或荒废或遭吞并。
这些问题经常被一些有远见的大臣所提及，在今年所进行的全国土地丈量过程中，也披露出大量实例。
如今内地卫所的军户大都已蜕变成世世代代为军官所掌控的农奴，专以务农为业，使得世兵战斗力逐年下降。而屯丁从军乃是服劳役，朝廷不再支付这部分军饷，这样一来，世兵的作战积极性也变得愈发低落。募兵战斗力比世兵强，已成朝野共识。
且由于历年来接连不断的封赏，现今生而有职的将官子弟已近十万之巨，造成低级将官中冗员现象异常严重。本来按照制度，二十五岁以下的在职军官与满十岁应袭子弟都要进入各地武学习武，通过层层考核后，其中的佼佼者会被选拔到京师的三大武学继续深造，备战科举。但世袭武将子弟这么多，武学哪还能接纳得了。
万历曾对现存的武学具体运作情况及其教授的课业进行过一番了解，深感武学体系已经名存实亡，根本无法培养出合格的将领。
另一方面，此时大明朝野重文轻武的观念已是根深蒂固，相较于文举制度，武举制度也存在诸多问题。所谓策问形同虚设，以致武举出身的武将多为骁勇猛将，而难有统帅运筹之才。
这些问题还只是浅层次的技术问题，其背后尚隐藏着更为严重的问题。例如在朝廷钱粮不充裕的情况下，大批将领都热衷于编练家丁，亲兵，这些带有私军特征的队伍战斗力虽强，但往往只效忠于将主一人，如果不加以重视，日后很可能发展出一个个的军阀。
但在现阶段，万历却无力一次性彻底理顺诸多问题。唯一的值得庆幸的是，积年累月的边患，还是使一批像戚继光这样的军事人才脱颖而出，并且时间也还宽裕。那就干脆一步一步来，从相对简单的问题开始着手。
鉴于锦衣卫的特殊性质，重臣们并不愿过多干涉。再者最近整个锦衣卫体系都已被言官们批成了筛子，各种丑闻满天飞，谁还敢站出来大言不惭说锦衣卫不需要整顿呢。
但交给戚继光去训练却又引起了大臣们的顾虑，戚继光多年前就曾主动请缨，希望朝廷能将数十万边军全部交给他进行轮训，以此提升大明的整体军事实力。这个建议当时就被朝廷婉拒，想不到皇上又把这个设想给捡了起来。
张四维忙劝阻道：“皇上，戚元敬于练兵一道确有所长，但如果将所有锦衣卫军官都交由他训练，日后将出一门，臣以为终究不妥啊。”
“嗯，元辅所言甚是。”万历事先就已考虑到这可能会引起朝臣的担心，于是点头表示同意，道：“故此这件事还是应该交给兵部牵头，戚继光最多只能让他做个禁军教头。”
“这~”大臣们一听，都意识到皇上这个说法倒很具可行性，尤其是实权仍掌握在文臣手中，这才是最关键的。
张四维与另两位阁老交换了一下眼色，道：“臣愚钝，还请皇上稍作解释。”
“无它，用武学这个旧瓶，来装轮训这壶新酒。”
张四维一听，不禁连连点头。皇上是打算借用武学这个模式，对整个训练过程加以规范。这样一来，即便戚继光参与其中，他的个人影响力也会受到一定的制约，这确实是一着妙棋。
“皇上，”余有丁道：“戚总兵辖下天津卫，便设有一处武学。可命兵部派员前往天津卫主持此事，戚总兵从旁襄理。”
“对，对。”大臣们纷纷出言表示赞同。
万历摇了摇头，道：“不行，即便是襄理，也要恪尽职守。蓟镇军务繁重，戚卿若仍任蓟镇总兵，哪还有暇他顾，还是换个地方的好。”
万历也没瞒着，接着道：“武学之制弊病颇多，也该一并整顿。朕打算在山东新设一所武学，戚卿以左都督之衔往充学判，兼任山东总兵。”
张四维等人总算领悟了皇上的真实意图乃是要重振武学，为此甚至不惜将戚继光从蓟镇这个天下第一重镇调离。
他们不可能预见到即将到来的三大征，单以目前的形势论，大明的武力已经足以维持局面，真正的问题出在基层架构的大面积崩坏。适当整顿军武确有必要，但皇上既然花这么大的心思在上面，以后便难保不生出开疆扩土，耀武扬威的。以大明如今的底子，哪还经得起那样的折腾。
文华殿内顿时变得静悄悄的，落针可闻，大臣们一个个耷拉着脑袋，都不吱声。万历见大臣们都没有了反应，心说你们这是打算用沉默来对抗至高无上的皇权吗？他也不急，只是耐心地等着大臣们先开口。
良久，才见余有丁道：“皇上，蓟镇所辖左山海，右居庸，绵延数千里，且为京师屏障，实乃重中之重。必得由戚元敬这样的虎将把守，方可保无虞。今骤然将其调离，一时之间只怕无人可以接手，万一北蛮趁虚而入，恐有不测啊。”
万历点点头，道：“阁老所言有理，但如戚卿及宁远伯等，都已年过五十，即便一心为国，勉力支撑，还能再效劳几年？终归要代有良将，才是久安之策。”